Основные функции отдела:
- Оценка целевого и эффективного использования выделенного финансирования в виде межбюджетных трансфертов и бюджетных инвестиций по мероприятиям государственных и ведомственных целевых программ, бюджетного финансирования на проведение программных мероприятий, содержание аппарата Министерства и подведомственных учреждений, подготовка рекомендаций по повышению его эффективности;
- Контроль за соблюдением Министерством и подведомственными учреждениями законодательства и иных нормативных правовых актов о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг;
- Контроль за соблюдением антикоррупционного законодательства в части использования бюджетных средств
- Участие как представителей государства в составе ревизионных комиссий акционерных обществ
- Подготовка аналитических материалов по основополагающим вопросам, относящимся к функциям сектора.